La Médiathèque conserve un ensemble important de plus de 700 manuscrits, intéressant l’histoire de Bayonne, du Pays basque et de la Gascogne.
Parmi les fonds basques, les manuscrits de la collection Georges Hérelle constituent un corpus important pour l’histoire de la pastorale souletine. On trouve aussi des documents sur la langue basque, les contes ou les traditions signés par Wentworth Webster, Julien Vinson, Edward Dogson, Charles Bernadou…
Enfin, la Médiathèque conserve des manuscrits littéraires du 20e siècle, écrits par Francis Jammes, Thierry Sandre, Paul-Jean Toulet, Roland Barthes… ou quelques correspondances de Léon Bonnat.
Le Graduel à l’usage de l’église de Bayonne, livre liturgique daté du 15e siècle contenant les chants utilisés durant la messe, est le plus ancien manuscrit conservé par la Médiathèque de Bayonne.
Il est consultable en ligne.