De par son histoire et sa constitution, la bibliothèque possède un fonds local important consacré au Pays basque, à la Gascogne et au Béarn. Ce fonds, constitué depuis l’origine par des achats et dons divers, est en constant développement. Chaque année, une importante part du budget est consacrée à l’acquisition de documents ayant un intérêt local, qu'ils soient anciens ou contemporains.
Différents types de documents peuvent être consultés, notamment des livres imprimés, des manuscrits, des cartes, de l'iconographie et de la presse.
La médiathèque conserve aussi la bibliothèque basque du chanoine Pierre Lafitte, confiée par l'association diocésaine de Bayonne.
Parmi les documents remarquables du Fonds basque, on trouve aussi des imprimés en langue basque du XVIème au XVIIIème siècle, des manuscrits de Georges Hérelle, du Capitaine Duvoisin, d'Harriet, d'Haraneder, des cahiers de pastorales…
